O Programa de Pós-Graduação em Ecologia e Conservação da Universidade Federal do Paraná (PPGECO/UFPR) nasceu de uma lacuna existente na Área de formação relacionada à Ecologia. Até 2003, os Programas de Pós-Graduação presentes no Setor de Ciências Biológicas da UFPR atendiam a demanda regional em importantes áreas das Ciências Biológicas (principalmente nas assim denominadas à época, Áreas Ciências Biológicas I, II e III na CAPES). Apesar dos Programas existentes em 2003 serem, em geral, bem conceituados, uma importante lacuna permanecia aberta, no que se refere à formação dentro da então área de Ecologia e Meio Ambiente, hoje Biodiversidade. Neste sentido, professores e pesquisadores de quatro diferentes departamentos do Setor de Ciências Biológicas (SCB) da UFPR – Departamento de Biologia Celular, Departamento de Botânica, Departamento de Genética e Departamento de Zoologia ? e do Centro de Estudos do Mar (CEM/UFPR), se associaram a então Fundação O Boticário de Proteção à Natureza (hoje Fundação Grupo Boticário), com o apoio da direção do Setor de Ciências Biológicas e da Pró-Reitoria de Pesquisa de Pós-Graduação (PRPPG), e iniciaram o PPGECO em 2004, com uma turma de mestrado. O PPGECO foi e permanece diretamente vinculado ao Setor de Ciências Biológicas.
Devido ao rápido estabelecimento do PPGECO em termos de produção intelectual, atração de estudantes e organização interna, o programa recebeu a nota 5 na avaliação trienal de 2007 e em 2008 foi criado o curso de Doutorado. Na avaliação quadrienal de 2016 o programa galgou mais um passo, tendo recebido a nota 6 na avaliação quadrienal, devido ao reconhecimento de sua importância regional, excelência dos projetos em desenvolvimento e da produção intelectual resultante, do engajamento e qualidade de formação dos titulados, do engajamento do corpo docente em desenvolvimento de políticas públicas, políticas científicas, projetos colaborativos e redes e pesquisa nacionais e internacionais. A Universidade Federal do Paraná conta atualmente com 10 programas de excelência, notas 6 e 7.
Em 2020 o curso completou 17 anos de funcionamento. Neste período, foram formados 206 Mestres e 86 Doutores, que estão atuando principalmente em instituições de ensino, tanto superior como fundamental e médio, em órgãos ambientais e ONGs em diferentes partes do Brasil e do mundo, bem como na iniciativa privada. A pesquisa realizada no PPGECO inclui-se em dois dos 10 temas estruturantes reconhecidos no PDI ? UFPR 20189, a saber: Meio ambiente & sociedade e Biodiversidade & biociências. Desde seu início o programa também atraiu excelentes Pós Doutorandos vinculados aos programas CAPES (PRODOC, PNPD), a projetos individuais dos orientadores ou, mais recentemente, ao programa PRINT-CAPES de internacionalização.
